Dans les documents historiques, ce village a été mentionné pour la première fois en 1599. La paroisse actuelle a été fondée en 1892 et dédiée à Saint-Jacques, l’apôtre, le protecteur des pèlerins. Jusqu’au 24 juin 1981, Medjugorje a vécu comme tous les autres villages de cette région: les gens travaillaient la terre, cultivaient le tabac et ses vignobles, produisaient du vin et des légumes afin d’avoir assez pour une vie modeste pour leurs familles. A cause de circonstances sociales, beaucoup d’eux sont allés au monde: à travers de l’océan et dans les pays d’Europe occidentale, ainsi que dans les autres villes de la Bosnie-Herzégovine et la Croatie.
Le 24 juin 1981, autour de 18 heures, six jeunes – Ivanka Ivanković, Mirjana Dragičević, Vicka Ivanković, Ivan Dragicević, Ivan Ivanković et Milka Pavlović ont vu sur la colline appelée Crnica, plusieurs centaines de mètres au-dessus d’un petit hameau appelé Podbrdo, une jeune femme avec un bébé dans ses bras, qui indiquait avec sa main à eux de s’approcher. Surpris et effrayés, ils ne sont pas venus.
Le lendemain, le 25 juin 1981, en même temps, quatre d’entre eux, Ivanka Ivanković, Mirjana Dragičević, Vicka Ivanković et Ivan Dragičević, ont senti un fort besoin de retourner à l’endroit où ils ont vu la personne la journée passée qu’ils ont reconnus comme Notre-Dame. Marija Pavlovic et Jakov Colo se sont joignis à eux. Dans ce moment le groupe des voyants de Medjugorje a été formé. Ils ont prié et discuté avec Notre-Dame. Pour cette raison, le 25 juin est célébré comme l’anniversaire des apparitions. Selon le témoignage des voyants, à partir de ce jour ils ont commencé à avoir les apparitions quotidiennement, en tant que groupe et individuellement, n’importe où ils se trouvaient. Milka Pavlović et Ivan Ivanković n’ont jamais plus vu Notre-Dame.
Le troisième jour des apparitions, le 26 juin 1981, c’était le premier appel de Notre-Dame à la paix avec des mots: «Paix, paix, paix – la paix et seulement la paix doit régner entre Dieu et l’homme et entre les hommes! » Attirés par les apparitions et les messages de Notre-Dame, les gens, premièrement les paroissiens et puis ceux des villages voisins, comme aussi plus tard les pèlerins de tout le monde – ont commencé à se recueillir et à prier.
La persécution des voyants, aussi bien que leurs parents et proches, les paroissiens et les prêtres, et même des pèlerins, a commencé immédiatement après la première apparition. Les voyants ont été emmenés pour des interrogations par la police et des examinassions psychiatriques, mais il a toujours été établi qu’ils étaient en bonne santé. Toujours la même conclusion a été adoptée après les autres examinassions qui suivaient dans les années successives.